برخی دانشگاه ها از ثبت نام پذیرفته شدگان آزمون دکتری 99 به بهانه عدم هماهنگی سازمان سنجش جهت پذیرش این داوطلبان سر باز می زنند.
پس از اعلام نتایج نهایی آزمون دکتری، سازمان سنجش از پذیرفته شدگان خواست تا از 6 آبان ماه جهت اطلاع از جزئیات ثبت نام به وب سایت دانشگاه ها مراجعه کنند. اما با گذشت حدود دو هفته، برخی کاربران خبر از خودداری دانشگاه ها از ثبت نام برخی پذیرفته شدگان می دهند.
این کاربران اذعان داشتند علیرغم این که اسامی آنها به عنوان پذیرفته نهایی از سوی سازمان سنجش اعلام شده است، دانشگاه ها مجوز ثبت نام را ندادند و دانشگاه اعلام می کند که دانشکده ها استاد معرفی نمی کنند و استادی نیز شما را نپذیرفته است، دانشکده ها نیز می گویند دانشگاه اسامی را به ما نداده است.
همچنین بنا بر اعلام کاربران، برخی دانشگاه ها مدعی هستند که سازمان سنجش بیش از ظرفیت دانشگاه دانشجو پذیرفته است. پیگیری ها از سازمان سنجش و وزارت علوم نیز هنوز به نتیجه نرسیده است.
با توجه به این که ظرفیت پذیرش در دفترچه انتخاب رشته دکتری مشخص شده و اسامی این داوطلبان به عنوان قبول نهایی از سوی سنجش اعلام شده است، به نظر می رسد سازمان سنجش لازم است هر چه سریع تر نسبت به رفع مشکل این داوطلبان جهت ثبت نام در دانشگاه محل قبولی اقدام نماید.