در حالت کلی چهار ایندکس کننده مجله داریم که مجلات پابمدجز سومین دسته هستند مقالاتی که در این مجلات منتشر میشوند اغلب در حیطه پزشکی و پیرا پزشکی است.
PubMed به کمک کتابخانه ملی پزشکی (National Library of Medicine - NLM) وابسته به مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری (National Institute of Health- NIH) ایالات متحده آمریکا بروزرسانی و حفاظت می گردد.
مهم ترین و اصلی ترین پایگاه داده PubMed ، مدلاین نامیده می شود که مهمترین و از جمله معروفترین پایگاه داده اطلاعات کتاب شناختی مقالات زیست و پزشکی می باشد و به همین خاطر در برخی موارد دو واژه PubMed و مدلاین به جای هم به کار رفته می شود. علاوه بر مدلاین پایگاه های داده دیگری نیز از طریق این موتور جستجو قابل دسترسی می باشد. تا تاریخ ۱۱ جولای ۲۰۱۷ PubMed دسترسی به بیش از ۲۸میلیون رکورد اطلاعاتی را که مربوط به سال های ۱۹۶۶ به بعد بوده است را فراهم می کرده است، که قدیمی ترین آن ها به سال ۱۸۶۵ مربوط است. PubMed به هر رکورد نمایه شده در پایگاه خود یک شناسه یکتای هشت رقمی می دهد که به نام PubMed Identifier - PMID شناخته می شود.
پایگاه پابمد PubMed پایگاهی ویژه برای رشته های علوم پزشکی محسوب می شود که میلیون ها مقاله از مجلات مختلف را که نمایه PubMed شده اند منتشر می کند. آرشیو مقالات در اختیار کتابخانه ملی پزشکی آمریکا در موسسه ملی سلامت (National Institutes of Health) است. این موسسه سیستم دریافت مقالات با نام NIH Manuscript Submission system هم داراست. مقالاتی که در یکی از مجلات نمایه شده در PubMed پذیرش می گردند به روش های متعددی در پایگاه PubMed منتشر می شوند. از روش های انتشار مقالات در PubMed آن است که مقالات چاپ شده توسط ناشران به صورت کاملا مستقیم به پایگاه PubMed ارسال می شوند. برای انتشار مقاله در پایگاه PubMed چهار روش وجود دارد که در زیر به آنها اشاره میکنیم.
روش اول: در این روش، مجلاتی که در پایگاه PubMed نمایه شدهاند، مقالات پذیرفته شده و چاپ شده خودشان را به صورت مستقیم به این پایگاه ارسال می کنند و مولف در ارسال آنها هیچ نقشی ندارد.
روش دوم: در این روش بخشی از مجلات تنها برخی مقالات را که خودشان انتخاب می نمایند را به پایگاه PubMed ارسال می کنند. در این بخش، مولف اغلب باید از ادیتور آن مجله در رابطه با اینکه آیا مقاله او را برای انتشار در PubMed انتخاب می کند یا خیر سوال کند و یا از آن ها درخواست کند تا مقاله را در این پایگاه انتشار دهند.
روش سوم: در این بخش خود مولف، مقاله نهایی داوری شده خود را به سیستم NIHMS آپلود می نماید و برای انتشار آن در پایگاه PubMed به این سیستم ارسال می کند.
روش چهارم: در این روش ناشر، سابمیت مقاله داوری شده به سیستم NIHMS را آغاز نموده و مولف با تکمیل فرآیند آن، مقاله را به این سیستم ارسال می نماید.
مقالاتی که یقینا به وسیله ناشران در پایگاه PubMed منتشر می گردند باید فورا بعد از پذیرش توسط ژورنال به پایگاه PubMed ارسال گردند. مقاله ارسال شده به PubMed بعد از گذشت حدود ۱۲ ماه در این پایگاه در دسترس همگان قرار خواهد گرفت. در پایان باید گفت، مقالاتی در PubMed اجازه انتشار دارند که مجله ناشر آن ها در پایگاه PubMed نمایه گردد.